С 1988 по 1996 год она работала врачом терапевтов, после ассистентом кафедры внутренних болезней. Один год она проработала старшим сотрудником детской гематологии. В 2006 году она стала профессором Государственного медико - стоматологического университета, а в 2007 году она защитила докторскую диссертацию.

Свою первую журналистскую деятельность она начала с 1992 года и в 1997 году она стала ведущей и руководителем программы «Здоровье» которая вышла на Первом канале. Она пользовалась и пользуется большой популярностью и любовью у всех телезрителей. На данный момент программа выходит по субботам и в выходной день ее могут посмотреть все желающие.

16 августа 2010 года выходит в эфир «Первого канала» программа «Здорово жить». Название этой программы было выбрано неслучайно, целью этого проекта Елена Малышева выделяет то, что каждый человек должен, заботится, о своем здоровье и жить здорово. Кроме ведущей Елены Малышевой участие в программе принимают врач иммунолог Андрей Продеус, врач невролог Дмитрий Шубин, а также врач кардиолог Герман Гандельман.

В эфир программа выходит каждый день в 9.45 на «Первом канале».