Корень растения состоит из одного крупного, но дряблого клубня и одного молодого сочного клубня. Именно второй клубень несет главные целебные свойства. Из «салепа» (клубень ятрышника) изготавливается порошок, а слизь «салепа» применяется в медицине для лечения гастрита, язвы двенадцатиперстной кишки и желудка, при коликах и гастроэнтеритах, а также при респираторных заболеваниях полости носоглотки и рта, дизентерии, отравлениях, цистите.

Также ятрышник применяется при нервных истощениях, хронических простатитах, половом бессилии, маточные заболевания у женщин. Рекомендуется применять данное растение для поддержания сил у больных туберкулезом. Клубни растения применяются для лечения нарывов, карбункулов (их необходимо растереть до образования порошка, смешать со свиным жиром или распарить на молоке, затем прикладывают к пораженному участку кожи).